弁護士の方から教えてもらいました
1. 為替取引
銀行法は「為替取引」を営業として行う行為は銀行業に該当すると定め、「銀行業」の免許を受けた銀行等以外の者が「為替取引」を営むことを禁止しています（銀行法第2条2項2号、第4条1項）。
例外として、資金決済法は、100万円以下の「為替取引」については、資金決済法上の「資金移動業」の登録を受けることにより、銀行業の免許を受けていなくても、業として行うことがきる旨定めています（資金決済法第37条、同法施行令第2条）。
したがって、「為替取引」を行うのであれば、銀行業許可または資金移動業の登録が必要です。
この「為替取引」とは「顧客から、隔地者間で直接現金を輸送せずに資金を移動する仕組みを利用して資金を移動することを内容とする依頼を受けて、これを引き受けること、又はこれを引き受けて遂行することをいう」との定義が定着しています（最高裁平成13年3月12日）。
簡単にいうと、人の間に入って、現金輸送の方法以外でお金を移動させるということです。間に入る会社が倒産したり、お金の安全管理が適切になされないと、利用する人が不利益を被るため、資金移動業として登録することを義務付け、資産保全義務やら重い義務を課しています。
2. 収納代行スキーム
これに対して、一見人と人の間に入って資金を移動するように見えるが、「為替取引」に該当しないと整理されているのが、「収納代行スキーム」です。代表的なのはコンビニの収納代行サービスや、宅急便の代金引換サービスです。これらも企業と個人の間にコンビニや宅急便の会社が入ってお金を移動させるのですが、人と人の間に入って資金を移動させているのではなく、「人の代わりにお金を受領している」と考え、「為替取引」に該当しないと整理するのです。
しかし、最近になって「収納代行」であるなら、「為替取引」に当たらないから資金移動業の登録なしにお金の移動に関与するサービスを提供できるという形で収納代行スキームを法の抜け穴として利用する企業が増えてきました。
典型的なのが個人間送金サービスを提供するいわゆる割り勘サービスです。サービス提供事業者は「人と人の間に入って資金を移動させているのではなく、受け取る人の代理として受領しているだけ」などと言いますが、実質的には「為替取引」と変わりありません。
このような状況下、金融庁のワーキング・グループが昨年12月20日、割り勘サービスも「為替取引」に該当するのであるから、資金移動業の登録をする必要があるという見解を明確に打ち出しました（金融審議会 決済法制及び金融サービス仲介法制に関するワーキング・グループ 報告）。
「物品売買を伴わない献金は法的にグレー」といわれるのは、まさに、金融サービスを提供する事業者が収納代行スキームを理由に無登録でサービスを提供している状況を指していると思われます。
3. オンライン献金について
まず、資金移動業の登録を受けた企業の提供するサービスを利用して、オンライン献金を行うことは原則として法的に問題はありません。
ただし、個人間送金を用いた献金は、サービス提供者が想定しない利用である可能性があり利用規約等に違反するおそれもあるかと思いますので、事前の問合せが必要と思います。
次に、資金移動業者の登録を受けていない業者のサービスを使って献金を受領する場合ですが、上記のとおり法的にグレーではありますが、資金移動業の登録義務はサービス提供者に適用されるので、利用者である教会が何らか責任を問われることはまずありません。ただし、登録を受けていないということは、資金決済法で課される資産保全義務等が課されないということなので、万が一サービス提供者が倒産した場合に、大切な献金を一挙に失うおそれがあるため留意が必要です。